Bereits seit dem Mittelalter ist Thöningsen Teil der Soester Börde. Im Jahr 1168 wurd der Ort mit dem Namen „Thodenchusen“ erstmals erwähnt. Zum heutigen Ortsteil gehören auch die Höfe von Willingheppen, Hemmis, Kutmecke, Ellingsen sowie die ursprünglich zur Herrlichkeit Hinderking gehörige Bauernschaft Wehringsen .Die Eingliederung in die Kreisstadt Soest erfolgte 1969. Das Schulgebäude wurde 1970 ins Westfälische Freilichtmuseum in Detmold übersiedelt.
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